Известна Клепечиха с 1857 как заимка, а как село с 1870 года. Село Клепечихинское (Токмушкина деревня) с населением в 268 человек относилось к Ново - Алейской волости, Змеиногорского уезда Томской губернии, именовалось так до 1906 года. В 1901 году клепечихинцы построили православную церковь святителя и чудотворца Николая, которая была разрушена во времена коллективизации крестьян. Из церкви построили клуб.
В 1911 году в селе находилось церковно – приходское училище Министерства внутренних дел, две торговые лавки, 9 ветряных мельниц, 2 кузни, хлебозапасный магазин. Действовал кирпичный завод и небольшой маслосырзавод, которым владел богатый купец И.Чанцев.
Число жителей в селе в середине 20 годов выросло до 3500 тысяч. В 1928 году после решения схода сельчан был возведен памятник погибшим в гражданскую войну красными партизанами.
В эти же годы в селе действовало две начальные школы и была построена Клепечихинская средняя школа. Она строилась под руководством председателя сельского совета Гикала Кирилла Емельяновича.
В 30 годы на территории Клепечихинского сельсовета было создано 10 колхозов. Они постепенно укрупнялись и в 1956 году образовали один колхоз «Путь Ленина», реорганизованный в 1999 году в СПК. В 50 годы в селе появилось радио и электричество. Стационарная больница, мастерская, центральная контора колхоза были построены в 60 годы.
80 годы – годы интенсивного строительства на селе, построено несколько десятков квартир для жителей и здание сельсовета, новая школа, СДК.
Из 665 клепечихинцев, воевавших на фронтах Великой Отечественной войны не вернулось 286 человек. В 1981 году был открыт Мемориал Славы погибшим воинам землякам.
В день 150- летия 14 июля 2007 года был открыт памятник жертвам политических репрессий, созданный исключительно на энтузиазме учителей и учеников Клепечихинской средней школы, такой памятник единственный в нашем районе.
